Ở thời điểm đó, không ít bạn bè, đồng nghiệp nghi ngờ quyết tâm “làm được điều gì đó” của chị, bởi việc duy trì được hướng nghiên cứu về thiết kế dược phẩm, một lĩnh vực còn nhiều mới mẻ trong điều kiện nghiên cứu không có nhiều thuận lợi như Việt Nam không phải là chuyện dễ. Kinh phí thực hiện đề tài, trang thiết bị phòng thí nghiệm, nhân lực thực hiện, cơ chế quản lý…, những yếu tố mà một nhà nghiên cứu ở Mỹ ít phải bận tâm tới, sẽ là vấn đề nan giải mà Lý phải đối mặt hàng ngày khi về Việt Nam.

Vượt qua những điều đó, dù không ít chật vật, chỉ chừng năm năm sau khi về nước, Lê Thị Lý đã và gây dựng được một nhóm nghiên cứu khá mạnh về tin sinh học tại Khoa Công nghệ sinh học, ĐH Quốc tế (ĐH Quốc gia TP.HCM) và cùng các cộng sự của mình thực hiện được những đề tài nghiên cứu về tiến hóa của virus cúm A và các họ protein liên quan đến bệnh đái tháo đường loại II cho định hướng phát triển thuốc. Đến nay, chị đã có trong tay hơn 30 công bố quốc tế trên các tạp chí Plos Computational Biology, PloSONE, Biology Direct, Medicinal Chemistry Research, Molecules…, đồng thời được một số tạp chí có uy tín như Nature mời phản biện và  Current Pharmaceutical Design mời làm biên tập viên cho những công trình cùng lĩnh vực nghiên cứu.

Khi đề cập những hoạt động nghiên cứu khoa học của mình, PGS-TS. Lý cho biết, một trong những đề tài mà chị dành nhiều công sức và tâm huyết nhất là hai đề tài liên quan đến “Nghiên cứu và phát triển thuốc trị bệnh cúm A” do Quỹ NAFOSTED tài trợ. Thực hiện nghiên cứu vào thời điểm dịch cúm A đang bùng phát, Lê Thị Lý đã phát hiện được những đặc trưng về cấu trúc và tiến hóa của các biến chứng H1N1, H5N1, H7N9 và H3N2 cho định hướng phát triển thuốc và vaccine. Kết quả nghiên cứu này đã được nhiều tác giả nghiên cứu về cúm A trích dẫn.

Đạt được thành công bước đầu trong nghiên cứu nhưng điều mong mỏi của Lê Thị Lý là đưa các kết quả nghiên cứu vào ứng dụng trong thực tế. “Nhưng đáng tiếc là tất cả mới chỉ dừng lại ở mức nghiên cứu cơ bản thôi. Muốn thương mại hóa sản phẩm, phải có rất rất nhiều kinh phí đầu tư để mở rộng nghiên cứu tiền lâm sàng, sản xuất thử nghiệm …”, PGS-Lý. chia sẻ.

Chị cũng cho rằng, Việt Nam có nguồn dược liệu phong phú, có đội ngũ nghiên cứu có hiểu biết về dược liệu nhưng việc nối kết giữa các nhà khoa học và doanh nghiệp vẫn chưa được thông suốt nên ở thời điểm hiện nay, thế mạnh của dược liệu Việt Nam còn chưa được khai thác để có nhiều sản phẩm chất lượng cao phục vụ người dân trong nước. “Vì lẽ đó mà trong những đề tài nghiên cứu hiện nay và trong tương lai mình và nhóm thực hiện sẽ gắn kết với doanh nghiệp sản xuất nhiều hơn nữa”, Lý chia sẻ.

Qua những hoạt động nghiên cứu, PGS-TS. Lê Thị Lý đã được nhiều tổ chức trong và ngoài nước biết đến. Nhờ vậy nhiều hội thảo khoa học do chị phối hợp tổ chức đã nhận được tài trợ của Quỹ nghiên cứu Hải quân Mỹ toàn cầu, Nanogen Pharmaceutical (Khu Công nghệ cao TP.HCM),… Chị quan niệm, dù chưa nhiều nhưng những hoạt động trao đổi kinh nghiệm và kết quả nghiên cứu một cách nghiêm túc cũng ít nhiều thay đổi những cách nhìn nhận của giới khoa học nước ngoài về khoa học Việt Nam, nhất là các nhà khoa học trẻ.

Không chỉ tập trung vào nghiên cứu khoa học, PGS-TS. Lê Thị Lý còn quan tâm đến vấn đề giáo dục đại học. Chị cho biết, trong những năm học tập ở Mỹ, chị đã suy nghĩ về cách dạy và học ở đất nước này, về tính cởi mở, thẳng thắn, bình đẳng và khuyến khích quyền cá nhân trong học tập và nghiên cứu. Chính vì vậy, chị đã vận dụng những giá trị đó vào môi trường giáo dục đại học cũng như nhóm nghiên cứu mà chị phụ trách. “Đã dạy đại học, giảng viên phải chuẩn bị tinh thần học hỏi những điều hay ở sinh viên hoặc các cộng sự của mình hơn là khư khư lối dạy áp đặt”, Lý bày tỏ quan điểm cá nhân về quan hệ giữa giảng viên và sinh viên ở môi trường đại học hiện nay.

Chính với tinh thần cởi mở và khuyến khích những quan điểm cá nhân trong quá trình làm quen với nghiên cứu khoa học, PGS-TS. Lê Thị Lý đã gợi mở nhiều hướng nghiên cứu và đề tài mới mẻ để các thành viên của nhóm theo đuổi. Dưới sự hướng dẫn của chị, năm thành viên đã có những công bố trên các tạp chí ISI với tư cách là tác giả thứ nhất và được trao cơ hội nhận học bổng tiến sĩ tại các trường đại học danh tiếng thế giới như ĐH Cornell (Mỹ), ĐH Paris XI (Pháp), ĐH Melbourne (Úc), SISSAI (Ý)..., trong đó có bạn được đặc cách học tiến sỹ khi mới là cử nhân vì sở hữu nhiều bài báo ISI. Chị cho biết, niềm vui lớn của người thầy là được chứng kiến bước trưởng thành của sinh viên từng ngày. “Có nhiều trường hợp khiến tôi cũng cảm thấy xúc động như với sinh viên Nguyễn Văn Hùng. So với những bạn khác trong nhóm, em có xuất phát điểm không cao. Tôi cũng cân nhắc rất nhiều khi đồng ý cho Hùng gia nhập nhóm bởi chuyên ngành của em là vật lý, em sẽ phải nỗ lực học hỏi rất nhiều để theo kịp các thành viên của nhóm, vốn có thuận lợi vì đúng chuyên ngành tin sinh. Năm đầu tiên, tôi thấy có lúc em chới với nhưng chính sự kiên trì, niềm say mê thực sự với khoa học và ham muốn khám phá những điều mới mẻ đã giữ em ở lại với nhóm. Chỉ trong năm 2015, em đã có tới ba công bố trên các tạp chí ISI uy tín với tư cách tác giả thứ nhất, một thành tích không hề kém so với nhiều nhà nghiên cứu nhiều kinh nghiệm”.

Qua thực tế nghiên cứu và giảng dạy, Lý mong rằng, lĩnh vực giáo dục đại học sẽ được đầu tư nhiều hơn để hướng đến một môi trường đào tạo nguồn nhân lực hiện đại cho hôm nay và tương lai. Lý và các bạn bè cùng trang lứa và những người trẻ hơn đã sẵn sàng cho sự thay đổi nếu được sự ủng hộ của các nhà quản lý. “Nếu nhà quản lý cởi mở hơn, văn hóa học tập và những kết quả tại môi trường đại học sẽ thay đổi rất nhiều. Cần có sự cân bằng giữa khối lượng giảng dạy và nghiên cứu, hãy cho giảng viên thời gian để đọc và nghiên cứu thì họ mới dạy tốt được”, Lý mơ ước.

Là một nhà khoa học trẻ, Lý còn mong muốn các cơ quan có trách nhiệm đầu tư nhiều hơn vào phòng thí nghiệm và thư viện hoạt động theo mô hình 24/7. “Chắc nhiều người sẽ cười vào ước mơ này, nhưng nếu không mở ra, làm sao biết được nhu cầu của xã hội? Muốn có một xã hội học tập, hãy biết mở rộng cửa các trung tâm thí nghiệm và thư viện suốt ngày, suốt đêm”, Lý nói.

Ngoài các hoạt động  học thuật, chị tham gia rất nhiều hoạt động tình nguyện khác liên quan điến giáo dục. Chị là điều phối viên của chương trình học bổng gLINK của châu Âu (Eramus Mundus Action II) tại khu vực châu Á (http://glink-edu.eu/), thành viên của nhóm Vietnam Book Drive,… Lý mong ước nhìn thấy nhiều thư viện cộng đồng xuất hiện ở Việt Nam và tin rằng văn hóa đọc sẽ nhanh chóng nâng cao dân trí và chất lượng cuộc sống của người dân.